為防備給國民生命和健康造成重大影響的傳染病，修正案寫明了都道府縣與各醫療機構事先簽訂協定的機制。對於作為地區核心單位的公立及公共醫院、大學醫院等“特定功能醫院”等，則規定有義務在傳染病蔓延時提供病床。若不遵守，都道府縣可發出“勸告”和“指示”。若仍不配合，將撤銷特定功能醫院等許可。相當於收入的“診療報酬”將減少。此外還可公佈醫院名。簽訂的協定中，除了病床，還將對發熱門診、應對居家療養者、接納康復患者等工作也作出規定。
協定將明確地區的醫療機構職責分工。普通的民間醫院也必須回應與都道府縣的磋商，但由於是否簽署協定為自願，因此能得到何種程度的配合成為難題。
除《感染症法》外，還一攬子修改《醫療法》、《預防接種法》、《檢疫法》等，疫情蔓延時不僅是醫生和護士，還允許由牙醫和臨床檢查技師等注射疫苗。此外將創設罰則，疑似感染的回國人員接到檢疫所長要求居家等隔離的指示後，若不報告情況將予以處罰◆
